거래하는 종목과 수량, 상대방, 가격 등을 사전에 모두 정해 놓고 매수·매도 거래를 체결하는 거래 방식을 뜻한다. 주식 자전거래는 다른 매매자가 참여하는 것을 방지하기 위해 짧은 시간 안에 대량매매가 이뤄지므로 자전거래가 이뤄진 당일은 주식 거래량이 크게 증가한다.
주식 자전거래는 다음 세 가지 방식에 의해 이뤄진다.
첫째, 장전 시가 기준 또는 장 종료 후 종가 기준으로 주식을 매매하는 방법이다.
둘째, 일정 가격 범위 안에서 이뤄지는 시간외 대량매매 방법이다.
셋째, 장중에 장중 호가를 바탕으로 대량매매를 체결하는 방법이다.
주식 자전거래를 하는 이유는 다양한데 그중 매매 당사자 간 지분 교환 목적이 대표적이다. 예를 들면 계열사 간에 특정 지분을 주고받아야 할 경우 자전거래를 하게 되면 안정적으로 주식 지분을 주고받을 수 있다. 또한 상장회사는 평가이익의 현실화를 목적으로 자전거래를 하기도 한다. 이와 같은 주식 자전거래는 대량의 주식매매를 안전하고 신속·편리하게 할 수 있는 반면에 시장에 혼란을 줄 수 있다. 한국거래소(KRX)는 자전거래가 주가조작 등의 우려가 있기 때문에 이에 대해 일정한 제한을 두고 이를 허용하고 있다.
한편, 부동산 거래에서 자전거래란 매도자가 높은 실거래가로 허위 계약해 시세를 올린 후 취소하는 행위를 가리킨다.